El MDE propone un innovador esquema de gobernanza en el que, a diferencia de otras iniciativas, la participación de Pueblos Indígenas y Comunidades Locales (PICL) se ha considerado desde el inicio del proceso, incluyendo su realidad tanto en el diseño, como en la ejecución del proyecto. De esta manera, sus representantes son quienes deciden sobre el manejo de sus recursos naturales.
El Comité Directivo Nacional (CDN) está integrado por 15 representantes de los PICL de Jalisco, Oaxaca, Campeche, Yucatán y Quintana Roo. Este es el órgano de representación y de toma de decisiones para la asignación de recursos para la ejecución de subproyectos en estos territorios, mismos que contribuirán al manejo sostenible de los paisajes forestales para reducir su deforestación y degradación.
Para apoyar la operación del CDN a nivel regional, se establecieron tres Subcomités Regionales en Jalisco, Oaxaca y la Península de Yucatán. Estos Subcomités responden a las dinámicas socioeconómicas de cada región y se encargan y se encargan de la evaluación de iniciativas de subproyectos, así como de la planeación y seguimiento de programas estratégicos regionales.
